《半条命2》延续了前作《半条命》的剧情。玩家再次扮演戈登·弗里曼，一位理论物理学家，他在一次实验中意外引发了灾难，之后被神秘人物G-Man雇佣并沉睡多年。游戏开始于弗里曼被唤醒，发现自己正前往17号城的火车上。在弗里曼沉睡期间，外星联合军利用时空通道入侵地球，并迅速控制了人类。 故事仍旧由半条命主角GORDON继续延续下去，当地球受到异形的占据，人类渐渐在灭亡的同时，GORDON必须挺身而出回到BALCK MESA实验室来找出解决异形的方法，所有人--包括他所关心的人都只能依赖GORDON将他们从这场灾变中解救出来。